Sử dụng tư tưởng như một đề mục chánh niệm là một điều quan trọng. Nếu chúng ta không ý thức được tư tưởng của mình khi chúng vừa mới khởi lên, ta sẽ khó có thể nào hiểu được lý Vô ngã và thấy được rằng sự suy nghĩ không phải thật là mình.
Sự ngộ nhận này là nền móng căn bản xây dựng lên cái ngã, cái tôi của mình: “Tôi” là người đang suy nghĩ. Chánh niệm về tư tưởng có nghĩa là giản dị biết được tư tưởng khi nó sinh lên, biết được rằng tâm mình đang suy nghĩ mà không bị dính mắc vào nội dung của chúng. Chúng ta không nên miệt mài chạy theo sự tưởng tượng, phân tích coi tư tưởng từ đâu đến. Ta chỉ cần ý thức được rằng trong giây phút này có một tư tưởng đang phát khởi. Bạn có thể niệm thầm trong đầu “suy nghĩ, suy nghĩ” mỗi khi có một tư tưởng nào phát hiện. Bạn hãy quán sát chúng mà không phê bình, không phản ứng, không cho rằng sự suy nghĩ đó chính là mình, là của mình, sự suy nghĩ cũng chính là người suy nghĩ. Chẳng có ai đứng phía sau chúng hết. Tư tưởng tự nó suy nghĩ. Nó đến mà chẳng cần một ai mời. Sau một thời gian thực tập thiền quán, bạn sẽ thấy rằng khi chúng ta không còn bị dính mắc vào sự suy nghĩ, tư tưởng sẽ không có mặt lâu. Khi bạn ý thức được sự có mặt của một tư tưởng, nó sẽ biến mất và sự chú ý sẽ trở lại với hơi thở. Bạn cũng có thể đặt tên chính xác hơn cho những tư tưởng sanh lên, để nhận diện sự khác biệt của chúng, nếu bạn muốn, thí dụ như “dự định”, “tưởng tượng” hay là “nhớ, nhớ”. Cách này có thể giúp cho sự chú ý của bạn được sâu sắc hơn. Nhưng nếu bạn chỉ niệm “suy nghĩ, suy nghĩ” thôi cũng đủ rồi. Điều quan trọng là phải ý thức được tư tưởng khi nó vừa mới phát lên, chứ không phải vài phút sau đó. Khi bạn có thể nhận diện được sự có mặt của tư tưởng khi chúng vừa mới sinh lên, chúng sẽ mất đi khả năng chi phối được bạn.
Bạn đừng bao giờ đối xử với tư tưởng như là một chướng ngại, kẻ thù của thiền quán. Chúng chỉ là một đối tượng của chánh niệm, một đề mục của thiền quán. Đừng bao giờ để tâm mình trở thành lười biếng, dễ duôi. Phải biết tinh tấn duy trì chánh niệm, biết rõ ràng những gì đang xảy ra trong giờ phút hiện tại.
Thiền sư Suzuki trong quyển Thiền Tâm, Sơ Tâm có viết:
Khi ngồi thiền, anh đừng có cố gắng ngăn chặn sự suy nghĩ của mình. Hãy để tự nó chấm dứt. Nếu có một tư tưởng nào xuất hiện, hãy để nó đến rồi để nó đi. Chúng chẳng ở lâu đâu. Còn khi anh dụng công để ngăn chặn nó, có nghĩa là anh bị nó làm khó chịu. Đừng bao giờ để chuyện gì làm cho anh phải bực mình. Điều mà anh tưởng rằng đến từ bên ngoài, thật ra chính là những đợt sóng trong tâm anh, và nếu anh không khó chịu vì những đợt sóng, chúng dần dần sẽ trở nên yên tĩnh hơn… Những cảm xúc đến, tư tưởng, hình ảnh phát lên đều là những đợt sóng trong tâm. Chẳng có gì là ở ngoài tâm anh đâu. Nếu anh để cho tâm anh được sự nhiên, nó sẽ trở nên tĩnh lặng. Tâm này ta gọi là Chân tâm.
Hãy để mọi việc xảy ra một cách tự nhiên. Hãy để những hình ảnh, tư tưởng, cảm giác sinh ra và diệt đi mà không khó chịu, phản ứng, phê phán hay ôm giữ. Trở thành một với Chân tâm, quán sát một cách thật cẩn thận và tinh tế những đợt sóng đến và đi. Thái độ này sẽ đem lại cho tâm ta là một sự quân bình và tĩnh lặng vô cùng nhanh chóng. Đừng bao giờ xao lãng sự tập trung của mình. Giữ tâm chánh niệm luôn luôn, từng giây phút một, về mọi chuyện đang xảy ra, dù nó có là sự phồng xẹp ở bụng, hơi thở ra vào nơi mũi, cảm giác hay tư tưởng. Lúc nào cũng giữ chánh niệm, tập trung nơi đối tượng với một tâm quân bình và thoải mái.